台灣部分地區地層下陷嚴重，其主因與超抽地下水脫離不了關係。經濟部水利署水文技術組副組長阮薇芝表示，目前彰化縣有合法登記的地下水抽取水井僅佔總數的2%，雲林縣為5%，嘉義縣為9%，其比例非常低，儘管中央與地方政府不斷地宣導，呼籲農民應該將先前鑿的井進行合法登記，但由於數量龐大與政治考量等因素影響，短時間內恐怕無法將這些私鑿井全面納管。

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    彰化縣與雲林縣因為是高鐵沿線地層下陷較為嚴重的地區，早在民國102年就開始著手實施納管，並於民國103~105年進行複查。而其他縣市如高雄市，目前僅完成第一階段納管，屏東縣目前已經完成畜牧業水井的納管，未來將實施農業與養殖漁業水井的納管。嘉義縣也將於今年七月開始實施畜牧業水井的納管，台南市則至今尚未向水利署申請納管經費。

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    對此，雲林縣水利處水利行政科長伍忠政表示，雖然站在政府的立場上，水井是水利構造物需要合法申請，但早期的農民比較沒有法制上的概念，年紀也都比較年長，要他們花費精神與時間來辦理申請，其實有一定的難度，因此想要做到全面納管還是只能靠不斷努力宣導。

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    而台大土木系教授李鴻源也指出影響非法井納管的政治考量的因素，他說道:「他們(農民)全部都是選票，誰敢得罪選民啊?」此外，也有地方農會在接受聯合報採訪時提到，「鑿井合法化」對農民來說是很敏感的政治問題，彰化縣前縣長魏明谷與雲林縣前縣長李進勇都連任失利，鑿井納管可說是敗選原因之一。